Organami Euroregionu Pomerania są: Rada Euroregionu, Prezydium Euroregionu oraz Sekretariat Euroregionu. Rada składa się z 36 członków, delegowanych po 12 przez stronę polską, niemiecką i szwedzką. Ich kadencja odpowiada kadencji organów delegujących stron. Rada wybiera Prezydium Euroregionu i określa kierunki działania Euroregionu. Prezydium składa się z 6 członków, po 2 ze strony polskiej, niemieckiej i szwedzkiej. Prezydium powołuje Prezydentów Euroregionu, po jednym z każdej strony. Do zadań Prezydium należy m.in. reprezentowanie Euroregionu, wykonywanie uchwał Rady, kierowanie pracami Euroregionu, powoływanie Sekretarza. Sekretariat z siedzibą w Szczecinie, jest wspólny dla wszystkich stron.